Rok 1924, mały europejski kraj Sauville, wtulony w stoki Alp...
Kazuya Kujo uczy się w prestiżowej Akademii Świętej Margerytki, gdzie miejskie legendy i straszne historie, to chleb powszedni. Chłopak ignoruje większość z nich, ale opowieść o Królowej Berry, tajemniczym statku widmo, wydaje się nie dawać mu spokoju. Oczywiście jego bystrą przyjaciółkę, Victorique, dużo bardziej interesują prawdziwe historie, dlatego używając swojej bezkonkurencyjnej logiki zajmuje się rozpracowywaniem dziwnych spraw, z którymi nie może sobie poradzić nawet sławny detektyw z pobliskiego miasteczka. Jednak jak na ironię losu, to dociekliwość dziewczyny sprawia, że oboje lądują na pokładzie statku, którego opis kropka w kropkę pokrywa się z tym, co mówi się o Królowej Berry, zaś w jego wnętrzu może znajdować się klucz do rozwiązania groźnej zagadki...