To był rodzaj gry prowadzonej między Jacobem a jego bratem / Czarnym Dymem. Gry o diamentowych, niekwestionowanych zasadach, których my widzowie nawet do końca nie poznaliśmy. MiB mógł opuścić wyspę, pod warunkiem, że ta nie miałaby już żadnego protektora. Ale nie mógł osobiście zabić ani "urzędującego" strażnika ani grupy osób zwanych "Kandydatami" wyznaczonych ew. do przejęcia roli obrońcy..Czarny Dym konsekwentnie przez stulecia próbował swój plan zrealizować, ale bez skutku.
Swoje zamiary prawdopodobnie zmienił dopiero kiedy dowiedział się od Charlesa Widmorea o jego planach wobec obdarzonego niespotykanymi zdolnościami Desmonda (wcześniej pewnie nawet nie przewidywał takiej możliwości).
Kiedy Jack został mianowany następcą Jacoba, pozostali Kandydaci stracili swój status "nietykalnych" dla MiBa, ale jednocześnie ich śmierć nic mu już wówczas nie dawała. Dlatego nawet nie próbował ich zabić w finałowym odcinku.
W momencie "wyłączenia" tajemniczych właściwości wyspy przez Desmonda, także MiB jak i protektor stracili wszystkie swoje dotychczasowe przywileje i stali się zwykłymi śmiertelnymi ludźmi, dlatego Jack był w stanie zabić na nowo ucieleśnionego brata Jacoba.
Wszystko to było jasno przedstawione w samym serialu.

Ja myślę sobie, że to nie była gra pomiędzy Jacobem i jego bratem/czarnym dymem. Moim zdaniem zanim dusza brata Jacoba przejęła kontrolę nad dymem był on poddanym/narzędziem strażnika wyspy. Nie mógł skrzywdzić strażnika i z założenia miał służyć ochronie światła przed ludźmi. Wskazuje na to hieroglif w korytarzach pod świątynią, na którym przedstawione jest bóstwo egipskie (strażnik wyspy/światła) i dym. Więc dym od początku obowiązywała zasada, że nie może ruszyć strażnika ani ludzi wyznaczonych na jego zastępców (taka była jego natura, tak został zrobiony/stworzony). W momencie kiedy zaczęła go kontrolować dusza brata Jacoba te zasady nadal obowiązywały i był w pewnym sensie uzależniony od strażnika wyspy. Gdyby dusza brata Jacoba doprowadziła do jego śmierci i śmierci wyznaczonych przez niego następców mógłby opuścić wyspę. Dym nie mógł ich zabić "osobiście" bo został zaprojektowany by służyć strażnikowi i nie móc wyrządzić mu krzywdy. Nawet wtedy kiedy dusza brata Jacoba przejęła nad nim kontrolę (a strażnik ją poniekąd stracił), dała mu swoją świadomość, osobowość i chciała śmierci brata a także jego następców dla dymu było to fizycznie niemożliwe do zrealizowania. Brat Jacoba zmienił swoje zamiary tak jak napisał Aqu32 wtedy kiedy dowiedział się od Widmore'a o Desmondzie. Wyłączenie zasilania wyspy uwolniło go od więzi z dymem i jego zależności od strażnika wyspy. Zwróciło także cielesność pod postacią Locke'a. Dym i komnata ze światłem/żródłem to jakaś technologia, która przez ludzi sprzed setek, tysięcy lat została uznana za coś nadprzyrodzonego. Nie mogli tego rozgryźć także ludzie z czasów, w których rozgrywa się akcja serialu.

Kolejne dobre spostrzeżenia i uwagi, masz bracie łeb :)
Ciekawi mnie czy ponowne włączenie mechanizmu wyspy przywróciło również Czarny Dym, ale już w jego starej wersji. Oczywiście mam świadomość, że to ciekawość na którą nigdy nie uzyskam odpowiedzi :D