Dr Blowhole, diaboliczny delfin, powraca ze swoimi homarzymi sługusami i planem zapanowania nad światem. Zadaniem gracza jest skompletowanie drużyny pingwinów do super-tajnej misji ratunkowej. W "The Penguins of Madagascar: Dr. Blowhole Returns – Again"! usłyszymy oryginalne głosy aktorów z przebojowego serialu telewizyjnego, a w wśród nich niezwykle popularnego aktora Neila Patricka Harrisa jako Dr. Blowhole.

Fani serialu mogą spodziewać się licznych interakcji z ulubionymi mieszkańcami zoo, pośród których znajdują się między innymi Skipper, Kowalski, Rico, Private, Maurice, Mort, oraz wspaniały i niezwykle utalentowany tanecznie lemur – Król Julian.

Powodzenie supertajnej misji zależy od umiejętnego wykorzystania zdolności pingwinów: Skipper mobilizuje drużynę, Kowalski to majsterkowicz, Rico zna się na wybuchach, zaś Szeregowy potrafi dostać się w najbardziej niedostępne miejsca.