Gra posiada dwa tryby: mecz towarzyski oraz fabularny, w którym gracz śledzi historię przedstawioną w anime Captain Tsubasa J, zaś sama rozgrywka rozpoczyna się od meczu w wielkim finale Międzynarodowego Turnieju Młodzieżowego. Oprócz wątków fabularnych z serialu, gra oferuje również wątki specjalne, które nie zostały ukazane we wspomnianym anime.