Ziemia została opanowana przez mutujących obcych, którzy zagrażają życiu ostatnich ocalałych ludzi. Tylko Projekt Phoenix, tajna organizacja skupiająca najtęższe umysły i najodważniejszych żołnierzy na świecie, może odeprzeć atak najeźdźców i zapobiec zagładzie. Twoim zadaniem jest objąć dowodzenie nad tym ugrupowaniem. Prowadź badania i rozwijaj nowe technologie, odkrywaj zniszczony świat, zarządzaj zasobami i panuj na polu bitwy.

Działanie w pojedynkę to nie jedyna opcja. Organizacje takie jak korporacyjne Nowe Jerycho, rozdarty Synedrion czy fanatyczni Akolici Anu, a także ich odłamy, reprezentują własne wartości i mają swoje cele oraz poglądy na temat Pandoran. Możesz z nimi współpracować za pomocą systemu dyplomacji "Phoenix Point", wykorzystywać fortele, aby wykraść to, czego potrzebujesz, lub zmiażdżyć ich potęgą wojskową. Niezależnie od tego, jaką ścieżkę wybierzesz, jedno jest pewne: droga do zwycięstwa nie będzie łatwa.