Historia kolejnej wyprawy głównej bohaterki zaczyna się dwa tygodnie po wydarzeniach znanych z poprzedniej części, "Rise of the Tomb Raider". Lara Croft i jej przyjaciel Jonah Maiava wyruszają do Meksykańskiego miasta Cozumel. Ich wyprawa ma na celu zbadanie informacji o przepowiedni Majów o apokalipsie. Zagadnieniem tym interesuje się też wroga organizacja o nazwie Trinity.