Jest rok 2125. Minęło już dwadzieścia pięć lat od kiedy Alec Mason poprowadził Kolonie Marsjańskie do wolności. Jake Mason, jako strażnik z Red Faction dba o utrzymanie wywalczonej przez ojca autonomii. Na swojej drodze napotyka potężnego wroga w postaci niebezpiecznej i tajemniczej grupy - White Faction.