Czy Shinji przywrócił świat do takiego jakby nie było Evangelionów?
Raczej stworzył nowy (znowu), ale tak, bez Ev.

makietą i całym planem filmowym?
Zabieg żeby nie było nudno, przeciwwaga do wcześniejszych walk, gdzie jest dużo pustki,
fabularnie to udając się z Gendo do innego wymiaru gdzie wszystko się może zdarzyć te tła są ich wspomnieniami/nagromadzonymi odniesieniami podświadomości.

A może całość wydarzeń na przestrzeni filmów i serialu była jedynie odzwierciedleniem kryzysów emocjonalnych i problemów natury psychicznej Shinjego?
Anno tak, ale nie całość, Shinjiego nie, taką interpretacje można jedynie przyjąć przy ostatnich 2odcinkachXDeath&Rebirth/End of Evangelion.

Ciekawe jest w tym zakończeniu że Mari mu zdejmuje to obroże z szyi - jakby nie był do tego momentu wolny. I szkoda że nie był Asoką.

Też wolałbym takie zakończenie...

Scena z planem filmowym jest meta komentarzem, że Ano jak i Shinji kończy świat z Evangelionami. Scena na peronie to plan pomiędzy światami multiwersu, gdzie każdy "wyjeżdża" do swojego

Wydaje mi się, że nie znajdziemy tutaj jednego właściwego rozwiązania. Podkoniec filmu od-nowa (2:11:00) Kaworu mówi do Shinjego "Już potrafisz poradzić sobie w prawdziwym świecie, nie tylko w tym wyobrażonym". Czyli można mieć duże wątpliwości czy wszystkie sceny w filmie są tymi prawdziwymi czy część z nich nie jest przypadkiem jego wyobrażeniami. Peron to też ciekawa kompozycja, po jednej stronie jest on i Marii a po drugiej Rey i Kaworu (jak się dobrze przyjrzysz to po lewej na ławce siedzi postać podobna do Asuki). Może to znak, że odciął się od tamtych osób i tamtego życia. Pytanie czy on nijako cofnął czas i Evangeliony czy usunął tylko Evy i naprawił świat. Pod koniec w 2:21:26 widać, że Kapsuła z Asuką doleciała do domku Kensuke a tam dalej świat po staremu.

Shinji zrozumiał, że jego wyobrażenia kształtują rzeczywistość i osiągnął świadomość "Boga". To się łączy ze sceną "planu filmowego" jako trzeciego tam meta-wątku: Świadomość, że jesteśmy aktorami/postaciami we własnym filmie. Nie odcina się od nich tylko daje im wolność, możliwość kształtowania swojej rzeczywistości respektując ich uczucia.