Czwarty i ostatni film tetralogii. Misato i WILLIE – grupa sprzeciwiająca się działaniom NERV-u – docierają do obecnie czerwonego Paryża. Załoga statku Wunder ląduje na wieży bezpieczeństwa i ma zaledwie 720 sekund na uratowanie miasta. Gdy pojawia się rój Evangelionów NERV-u, Mari musi stawić im czoła w Ulepszonej Jednostce 08. Tymczasem Shinji, Asuka i Rei  wędrują po Japonii.