Shinji zostaje wydostany z EVY-01 do zupełnie nowej rzeczywistości, której przyczyną najwyraźniej
jest jego doprowadzenie do 3-impactu. Co więcej, wszyscy mają mu to za złe. Przez ten czas jego
ojciec postradał zmysły a Misato z ekipą starają się go powstrzymać z nowej, latającej bazy. Film
skupia się na relacjach Shinjiego z Kaworu - których to związek doprowadza do... 4-impactu :)