Fineasz, Ferb oraz Pepe Pan Dziobak podążają za doktorem Dundersztycem do alternatywnego wszechświata, gdzie naprawdę złe alter ego naukowca, doktor Doof, rządzi okolicą za pomocą armii robotów o żelaznych pięściach. Aby ocalić przyjaciół przed pewną zagładą, Pepe Pan Dziobak poświęca się i ujawnia swoją prawdziwą tożsamość, przyznając, że w rzeczywistości jest Agentem P. Fineasz i Ferb uciekają, spotykają samych siebie zamieszkujących drugi wymiar i rozpoczynają własną misję, żeby uratować Pepe.

Fineasz i Ferb w końcu odkrywają, że Pepe, ich ukochany dziobak jest najprawdziwszym tajnym agentem, który każdego dnia walczy z siłami zła. Dołączają do niego na przygodę i lądują w innym wymiarze, w którym rządzi naprawdę zły Dr Dundersztyc. Kiedy odkrywają jego złowieszczy plan podróży do ich wymiaru i przejęcia nad nim kontroli, bohaterowie i ich alter-ego muszą zjednoczyć siły, aby go powstrzymać.