Potężny Kong się odrodził. Naukowcom udaje się wyodrębnić DNA King Konga i stworzyć z niego podobną bestię, którego zadaniem jest chronić życie na wyspie, na której żyje. Jednak Kong ma teraz nową dodatkową umiejętność. Dzięki specjalnemu cyberlinkowi łączy się on z jaźnią jego ludzkiego "brata" Jasona, co czyni go pół-małpą, pół człowiekiem.
Nad wyspą ma miejsce zaćmienie słońca, zwiastujące narodziny legendarnej Atlantydy, której pierwszy Kong był kiedyś władcą. Teraz przebiegła Królowa Gadów oferuje tron króla jego "synowi". Atlantyda nie może się jednak odrodzić, bo doprowadzi to do końca świata...