XVII wiek. Dwóch młodych jezuitów pokonuje tysiące kilometrów, aby potajemnie przedostać się do Japonii, gdzie toczy się bezwzględna walka z chrześcijaństwem. Misjonarze poszukują swojego nauczyciela – słynącego z odwagi kapłana, o którym krążą plotki, że wyrzekł się wiary katolickiej i został buddyjskim mnichem. To, czego doświadczą, wystawi ich umiejętności przetrwania, a także wszystko, w co wierzą, na najcięższą próbę.

Dwóch jezuickich księży, Sebastiao Rodrigues i Francis Garrpe, podróżują do siedemnastowiecznego, odizolowanego od wszelkich zewnętrznych kontaktów Królestwa Japonii, by sprawdzić postęp działań misji ewangelizacyjnych. Tam stają się świadkami prześladowania japońskich chrześcijan przez ich własne władze, które chcą pozbyć się wszelkich wpływów z Zachodu. Rodrigues zwiedza wioskę, zastanawiając się, dlaczego Bóg pozostaje milczącym, podczas gdy jego dzieci cierpią.