Pies Scooby-Doo ma dziwny talent do pakowania sie w kłopoty. Zawsze towarzyszy mu czwórka przyjaciół: pewny siebie Fred (Freddie Prinze Jr.), przyciągająca nieszczęścia Daphne (Sarah Michelle Gellar), mól książkowy Velma (Linda Cardellini) i wieczny głodomór Shaggy (Matthew Lillard). Członkowie grupy Mystery, Inc. zawsze trzymają się razem. Ale pewnego dnia okazuje się, że różnice dzielące przyjaciół są nie do pogodzenia. Każdy z nich ma własne pomysły i za nic na świecie nie chce zgodzić się na ustępstwo. W związku z tym nasza piątka decyduje się na rozwiązanie grupy. Dwa lata później Scooby-Doo, Fred, Daphne, Velma i Shaggy zostają wezwani na Wyspę Strachów, gdzie mają zbadać serię dziwnych zdarzeń. Właściciel wyspy, Emile Mondavarious (Rowan Atkinson) obawia się, że jego kurort jest nawiedzony. Stara się za wszelką cenę pojednać kiedyś skłóconych przyjaciół i pomóc im w wyjaśnieniu tajemnicy.