Akcja rozpoczyna się w momencie kiedy naukowcy z Arcamu odkrywają w górach Turcji wielkie dzieło przeszłych władców Ziemi - Arkę Noego, która ma podobno uczynić ze swojego właściciela kogoś o potędze Boga.

Głównym bohaterem jest Yu Ominae - numer jeden wśród sprigganów. Mając 16 lat prowadzi podwójne życie jako uczeń szkoły oraz jako niebywale silny i zwinny agent Arcamu. Amerykanie dowiedziawszy się o odkryciu pragną przejąć Arkę. Zadaniem młodziutkiego Yu jest im w tym przeszkodzić.

Szesnastoletni Yu Ominae jest Sprigganem - obdarzonym nadludzkimi zdolnościami agentem tajnej organizacji. Jej zadaniem jest strzec artefaktów, które tysiące lat temu pozostawiła na Ziemi obca cywilizacja. Pewnego dnia okazuje się, że wrogowie chcą wykraść Arkę Noego. Yu musi zrobić wszystko, by do tego nie dopuścić. Powodzenie tej niebezpieczniej misji zadecydują o losach świata.