Złoczyńca Kai niszczy Chiny, pokonując największych mistrzów kung-fu. Po ma za zadanie wyszkolić swoich współbraci i stworzyć drużynę niepokonanych Pand.
Maszyna zmieniająca wodę w żywność z poprzedniej części wciąż działa i produkuje niebezpieczne jedzeniowo-zwierzęce hybrydy. Flint musi ją unieszkodliwić.