Gdy agentka działająca pod przykrywką żony polityka dowiaduje się, że zamordowano jej kochanka, stary przyjaciel zabójca pomaga jej odkryć prawdę i dokonać zemsty.
Pięcioro zabójców, znajdujących się w szybkim pociągu jadącym z Tokio do Morioki, odkrywa, że ich zlecenia są ze sobą wzajemnie powiązane. Powstaje pytanie, kto wyjdzie z pociągu żywy i co ich czeka na stacji końcowej.
Snake Eyes zostaje przyjęty do starożytnego japońskiego klanu Arashikage, którego członkowie szkolą go na wojownika ninja. Jego honor i lojalność szybko zostają jednak wystawione na ciężką próbę, a on sam może stracić zaufanie najbliższych.