Wrocław, 22 maja 1963 roku. Łucja Winter – doświadczona oficer wywiadu – wraca z niebezpiecznej misji w Indiach, której cel jest owiany głęboką tajemnicą. Gdy wydaje się, że wszystko zakończy się sukcesem, w mieście wybucha epidemia ospy prawdziwej. Wrocław staje się miastem zamkniętym, w którym rozpoczyna się walka ze śmiertelnie groźnym i niewidzialnym przeciwnikiem. "Czarna śmierć" to historia, w której thriller medyczny w przenika się z pełną tajemnic opowieścią szpiegowską. Z jednej strony grupa lekarzy pod wodzą młodej i ambitnej Weroniki Przybysz (Anna Karczmarczyk) toczy heroiczną walkę ze śmiertelną chorobą, z drugiej prowadzone jest – przez dziennikarza lokalnej gazety Igora Bielika (Tomasz Ziętek) – śledztwo, które ma na celu wyjaśnienie tajemnicy pojawienia się ospy prawdziwej we Wrocławiu i ustalenie, kto był pacjentem zero. To opowieść o poświęceniu, pokonywaniu trudności, o lekarzach, którzy ryzykując własne zdrowie i życie walczą o życie pacjentów. To także historia o narastającej potrzebie wolności i prawdy, która jest silniejsza niż strach przed komunistyczną opresją. W serialu nie zabraknie humoru i dowcipu – mimo lęku przed chorobą ludzie we Wrocławiu musieli żyć i normalnie funkcjonować. Okazało się bowiem, że gdy w odciętym od świata miastem zaczęli rządzić lekarze, szybko skończyły się kolejki, towarów przestało brakować, a PRL-owska szarzyzna zaczęła nabierać powoli kolorów. Paradoksalnie, zamknięcie miasta przyniosło jego mieszkańcom powiew wolności i normalności, którego wcześniej tak bardzo brakowało. "Czarna śmierć" to historia inspirowana prawdziwymi wydarzeniami, które rozegrały się we Wrocławiu latem 1963 roku. Główna bohaterka serialu – Weronika Przybysz –wzorowana jest na doktor Alicji Surowiec, która za swoją postawę w trakcie epidemii ospy otrzymała tytuł Polki Roku 1963. Kierowała ona utworzonym specjalnie na potrzeby leczenia osób chorych na ospę szpitalem w miejscowości Szczodre k. Wrocławia i urządzonym tam izolatorium, mając – prócz siebie – do dyspozycji jedynie dwóch lekarzy. Mimo braku właściwych narzędzi, lekarstw, braku osób, opiekowała się śmiertelnie chorymi do ostatniego dnia epidemii.
Byli małżonkowie orientują się, że są na łasce i niełasce Kościoła, gdy ponad dwadzieścia lat później próbują uzyskać orzeczenie o nieważności swojego związku.
W małym miasteczku mieszkańcy do perfekcji opanowali grę pozorów, a historię miejscowości od lat piszą sekrety oraz połączenie dwóch religijnych światów: pogańskiego i chrześcijańskiego. Co się stanie, kiedy nagle trafi do niej osoba z zewnątrz, która postanowi odkryć oraz skonfrontować je wszystkie?
Grupa podróżujących razem ludzi odjeżdża przez pomyłkę samochodem złodzieja, który rusza za nimi w pościg, aby odzyskać ukryte w bagażniku zrabowane pieniądze.
Historia miłości tak mocnej, że przekracza granice, nie mieści się w ramach i jest silniejsza od wszelkich barier. Szczere spojrzenie na współczesny świat, a także dramatyczna podróż w przeszłość, która nikomu nie pozostanie obojętna.
1946 rok. Po incydencie porucznik Kmita zostaje wysłany na wieś, gdzie ma za zadanie podzielić i rozdać chłopom ziemię zabraną przez Niemców do budowy poligonu.