Snake Eyes zostaje przyjęty do starożytnego japońskiego klanu Arashikage, którego członkowie szkolą go na wojownika ninja. Jego honor i lojalność szybko zostają jednak wystawione na ciężką próbę, a on sam może stracić zaufanie najbliższych.
Equestria jest podzielona. Jasnooka bohaterka wierzy jednak, że ziemskie kucyki, pegazy i jednorożce powinny być przyjaciółmi i zrobi wszystko, by tego dowieść.
Podczas rutynowej misji oddział Joe zostaje zdradzony i prawie całkowicie wymordowany. Ocaleli członkowie ekipy postanawiają dowiedzieć się, kto stoi za atakiem oraz wymierzyć sprawiedliwość.
Podczas międzynarodowych manewrów wojskowych Hawaje zostają zaatakowane przez kosmicznych agresorów. Odcięty od reszty Floty Pacyfiku niszczyciel dowodzony przez Alexa Hoopera podejmuje walkę z wrogiem.
Elitarna jednostka wojskowa, znana jako G.I. Joe, staje przed wielkim wyzwaniem, jakim jest zapobiegnięcie użycia śmiercionośnych rakiet mających wywołać chaos na całym świecie.