Czterech ninja strzegących Ukrytych Wiosek Mgły, Kamienia, Chmur i Piasku ginie bez śladu. Podejrzewana jest nieodnosząca żadnych strat Konoha, co sprowadza krainy na skraj kolejnej Wielkiej Wojny.
Tajemnicza grupa shinobi przeprowadza niespodziewany atak na osadę Konoha-gakure, która w wyniku tego odnosi wielkie straty. Widmo kolejnej Wielkiej Wojny Ninja może się urzeczywistnić. Sasuke, wciąż nukenin (ninja, który porzucił swoją osadę) z Konohy, kolejny raz pojawia się przed Naruto w nieznanym miejscu, aby zapobiec takiemu biegowi wydarzeń.
Naruto, Kakashi, Sakura i Lee mają za zadanie przetransportować podróżującego po świecie "zepsutego" księcia z kraju Księżyca (który znajduje się na wyspie Półksiężyca na południowym morzu) do jego ojczyzny. Władca kupuje cyrk i szczęśliwy wypływa, natomiast "Kopiujący ninja" i jego podopieczni ochraniają monarchę jak i jego nowy zakup. Trzej tajemniczy ninja mają zamiar pomieszać im szyki.
Przygotuj się na pełną zabawy przygodę! Przyłącz się do przygód małej myszki, która odważnie rusza do walki z potężnym wrogiem. Ta wspaniała, pełna cudownej muzyki opowieść przeniesie Cię do Kolczastej Doliny, gdzie myszy mają wszystko czego mogą zapragnąć… poza bohaterem. Z pomocą przychodzi Timmy Brisby, syn Johnatana Brisby, który już raz ocalił myszy przed okrutnym losem w złym laboratorium NIMH. Jest jednak jeden mały problem – Timmy nie ma żadnego doświadczenia w byciu herosem. Niestety nie ma czasu na przygotowania. Mały śmiałek musi odważnie stawić czoła laboratorium NIMH i udowodnić, że nawet mała myszka może dokonać wielkich, bohaterskich czynów.