Fabularnie "Dzieci Diuny" łączy w sobie wątki z drugiego i trzeciego tomu cyklu: "Mesjasza Diuny" i "Dzieci Diuny". Tematem filmu jest walka Paula Atrydy z zakonem Bene Gesserit, który nie potrafi kontrolować Muad'Diba, a także wydarzenia, które miały miejsce po odejściu Paula na pustynię, kiedy rozpoczęła się Ekologiczna Transformacja Diuny, a na Arrakis pojawił się tajemniczy starzec zwany Kaznodzieją.

We Francji źle się dzieje, ale Ludwik XIV tego nie dostrzega. Pochłonięty rozrywkami zamyka oczy na cierpienie poddanych, więc muszkieterowie postanawiają wziąć sprawy w swoje ręce.