Po pokonaniu Bowsera i uratowaniu Brooklynu Mario staje przed nowym zagrożeniem: złowrogim sojuszem Wario i Bowsera Jr. Teraz, wraz z przyjaciółmi i Yoshim u boku, musi powstrzymać ich plany podboju świata.

Kiedy rozpoczynają się wakacje, Scooby i przyjaciele rozwiązuje tajemniczą zagadkę potwora z jeziora.