Ekspedycja badawcza narusza granicę oddzielającą morskie potwory od naszego świata. Kiedy trzy megalodony wypływają na powierzchnię, jedyną osobą, która może je powstrzymać, jest Jonas Taylor.
Podczas rutynowej misji oddział Joe zostaje zdradzony i prawie całkowicie wymordowany. Ocaleli członkowie ekipy postanawiają dowiedzieć się, kto stoi za atakiem oraz wymierzyć sprawiedliwość.
Elitarna jednostka wojskowa, znana jako G.I. Joe, staje przed wielkim wyzwaniem, jakim jest zapobiegnięcie użycia śmiercionośnych rakiet mających wywołać chaos na całym świecie.