Po tym, jak meteoryt sprowadza na ziemię Ghidorah, trójgłowego potwora, Mothra stara się zjednoczyć z Godzillą i Rodanem, by razem pokonać zagrożenie.

Młoda arystokratka, u boku generała, przewozi złoto przez tereny należące do wrogiego klanu. Towarzyszą im podejrzani chłopi, którzy chcą ukraść wartościowy ładunek.

Obudzony potężnym wybuchem potwór przemierza Japonię, siejąc śmierć i spustoszenie.