Wojna między koordynatorami a "zwykłymi" ludźmi zakończyła się. Czas pokoju nie trwał jednak zbyt długo. Z bazy ZAFT`u zostają skradzione trzy prototypy Gundamów (o wiele silniejsze od pozostałych). Ziemianie szykują się do wojny wytaczając przeciw koordynatorom ich własną broń...

Shin'ichi jest uważany za współczesnego Sherlocka Holmesa. Podczas jednego ze swoich śledztw zostaje otruty, jednak trucizna zamiast zabić, zamienia go w dziecko.