Jako odpowiedź na nieustające ataki Aniołów do walki przystępuje dwóch nowych pilotów. Jednocześnie Rei i Shinji angażują się w ściśle tajny projekt nadzorowany przez organizację SEELE. 

Świat opanowują demony, zwane youma. Do walki z nimi zostają powołane kobiety, w których żyłach płynie krew bestii.