Wojna między koordynatorami a "zwykłymi" ludźmi zakończyła się. Czas pokoju nie trwał jednak zbyt długo. Z bazy ZAFT`u zostają skradzione trzy prototypy Gundamów (o wiele silniejsze od pozostałych). Ziemianie szykują się do wojny wytaczając przeciw koordynatorom ich własną broń...

Podczas lekcji w szkole Son Gohan i Videl dowiadują się, że mag o imieniu Hoi chce popełnić samobójstwo, gdyż nie może otworzyć szkatułki, w której zamknięty jest wielki bohater z zamierzchłych czasów - Tapion. Son Gohan i Videl postanawiają mu pomóc. Po uwolnieniu Tapiona okazuje się jednak, że ukrywa on w sobie moc potwora, którą Hoi zamierza użyć do zawładnięcia wszechświatem.