Tomek Miłkowski jest załamany. Prawdopodobnie straci pracę rysownika komiksów w "Świecie Fantazji". Kiedy pogrąża się w ponurych myślach, jego wzrok pada na półkę z książkami, wśród których znajduje się opowieść o panu Kleksie. Tomek otrząsa się z rozpaczy i zaczyna szkicować nową historię przygód Ambrożego Kleksa. Wkraczamy w animowany świat profesora, jego przyjaciół, ucznia Adama Niezgódki, zmagających się z intrygami złowieszczego Alojzego Bąbla. Świat realny i fantastyczny-animowany zaczynają się przenikać...

Młody Adaś Niezgódka rozpoczyna edukację w tajemniczej Akademii. Szkołę prowadzi czarodziej Pan Kleks, któremu pomaga inteligentny szpak Mateusz.

Po tym, jak król zachorował i umarł, koronę ma dostać ten, kto zgładzi korsarza. Królewicze i królewny wyruszają w morską otchłań na spotkanie z niepokonanym piratem.