John Carroll Lynch urodził się 1 sierpnia 1963 roku w Boulder (Kolorado). Większość młodości spędził w Minneapolis (Minnesota), gdzie chodził na studia. Tam właśnie John odkrył pasję, jaką darzy aktorstwo. Wziął udział w szkolnym przesłuchaniu do szkoły aktorskiej. W latach 80-tych zdobył dyplom z aktorstwa, gdyż wziął udział w aktorskim programie Hartke Theatre Acting. Pracował głównie w Guthrie Theater w Minneapolis. W latach 90-tych był członkiem Guthrie Theater Acting Company, występował m.in. w sztukach Szekspira. John znalazł ten czas na grę w filmach. W 1996 roku wystąpił w "Fargo" (1996), a także w takich filmach jak "Piękne dziewczyny" czy "Piętno Minnesoty". Od tego czasu jego kariera nieustannie się rozwija.