Syn pochodzącego z Anglii aktora Alana Scarfe'a ("7 dni") i kanadyjskiej aktorki i reżyserki filmowej Sary Botsford ("E.N.G."), urodził się 16 grudnia 1975 roku w Toronto, w Kanadzie. Jego ojciec rozwiódł się z matką i ożenił się ponownie z aktorką Barbarą March. Jonathan dorastał częściowo w Brooklynie w USA, ale jednak przede wszystkim w Kanadzie. Dopiero nieco później zamieszkał w Los Angeles. Latem 1998 roku ożenił się z Suki Kaiser.

Uczestniczył jako praktykant w programie festiwalu teatralnego w Stratford, miejscowości, z której pochodził sam William Shakespeare. Tak więc Jonathan wcześniej znany był tylko z ról teatralnych takich jak: Reaper w "Nawałnicy" (The Tempest), Dumaine w "Miłość praca zagubionego" (Love's Labour's Lost) czy Serebrejakow w "Wujaszku Wani". Krytycy teatralni Los Angeles Shakespeare Festival dostrzegali jego talent w sztukach szekspirowskich -"Król Lear", "Makbet", "Otello".

Na małym ekranie zadebiutował rolą Rolfa
w niemiecko-kanadyjskim serialu "Rodzinne pasje" [1993-1994]. Chętnie potem gościł w serialach: "Robocop" [1994], "Nieśmiertelny" [1994], "Napisała: morderstwo" (Murder, She Wrote) [1995], "Ostry dyżur" (ER) [1997, 1998, 2001]. Postać Luke Morrisona w telewizyjnym kryminale "The Morrison Murders" [1996] oraz rola Iana McKee w telefilmie "Czarne kłamstwa" (White Lies) [1998] przyniosły mu nominacje do kanadyjskiej nagrody Gemini. A nagrodę tę odebrał w 2000 roku za kreację Sheldona Kennedy'ego w filmie telewizyjnym "The Sheldon Kennedy Story" [1999].

Przebił się do Hollywood telewizyjnymi rolami takimi jak: Jimmy Romeo w thrillerze "Córki" [1997], Robert Wraight w opartym na faktach telewizyjnym dramacie ekologicznym "Historia Roberta Wrighta" [2003], gdzie zagrali także jego rodzice - oraz weterynarz dr Andrew MacDonald w teledramacie "Klinika" [2004]. Zagrał przekonywująco postać Jezusa Chrystusa w telewizyjnym dramacie ABC "Judasz" [2004].