Aby zdobyć fundusze na badania, naukowczyni przyjmuje propozycję udziału w eksperymencie: przez trzy tygodnie ma mieszkać z humanoidalnym robotem, stworzonym po to, by ją uszczęśliwić.
Film rozgrywa się w odległej przyszłości, kiedy to tajemnicza choroba uśmierciła większą część ludności. Aeon Flux ma zabić jednego z głównych członków Kongresu rządzącego Bregną.