Zmutowana roślina stworzona przez naukowców pustoszy Japonię. Jedynym ratunkiem dla kraju jest Godzilla, która podejmuje walkę z potworem.

Królestwo Seatopii wysyła na powierzchnię Ziemi Megalona i Gigana, by zniszczyli ludzkość. Godzilla przy pomocy skonstruowanego przez naukowców robota podejmuje walkę z agresorami.