Shinji, Asuka i Rei wędrują po zrujnowanej na skutek Trzeciego Uderzenia Ziemi, szukając schronienia oraz możliwości skontaktowania się z organizacją WILLE zanim Gendo Ikari wprowadzi w życie Projekt Dopełnienia Ludzkości.
W odizolowanej od świata podziemnej wiosce, Kamina i Simon irytują do granic możliwości swojego wodza. Wszytko ulega zmianie, kiedy Simon potyka się o fantastyczne urządzenie, a spokój osady zostaje naruszony przez brutalnych intruzów.