Pewnego razu Sakura Sakurakouji jadąc autobusem spogląda za okno, a jej oczom ukazuje się widok ludzi palonych przez błękitne płomienie oraz chłopaka w jej wieku, który stoi pośród nich cały i zdrowy. Jednak gdy następnego dnia dziewczyna wraca na miejsce zdarzenia, nie ma tam żadnych spalonych ciał, ani innego dowodu morderstwa. Tymczasem do klasy Sakury dołącza nowy uczeń, a dziewczyna uświadamia sobie, że to właśnie jego widziała tamtej nocy. Chłopak, Rei Ogami, okazuje się być jednym z Code Breakerów - zabójców ze specjalnymi mocami, pracujących na zlecenie rządu.