Hitomi, Rui i Ai to siostry-włamywaczki. Wykradają z muzeum obraz mniej więcej w tym samym czasie, co Lupin Trzeci kradnie inny. Dzieła należą do serii pędzla Michaela Heinza, "Dziewczyna z kwiatami". Mogą pomóc znaleźć zaginionego ojca sióstr. Odkrycie, że szuka ich także Lupin, rozpala w nich ogień.

Na Ziemi Haruo i jego towarzysze kontaktują się z tubylczym plemieniem Houtua. Aby pokonać Godzillę, wyruszają do dawnego laboratorium Mechagodzilli.

Grupa zdesperowanych uchodźców chce powrócić na Ziemię 20 000 lat po tym, jak zawładnęła nią Godzilla. Jednak jednemu z nich zależy przede wszystkim na zemście.