Kudou Taiki jest chłopcem, który nigdy nie odmawia pomocy innym. W wyniku niezwykłego splotu wydarzeń, spotyka umierającego stworka - Shoutmona. Wyrażając chęć uratowania digimona, Taiki, wraz z dwójką znajomych zostaje przeniesiony do krainy zwanej Cyfrowym Światem. Na miejscu dowiaduje się, że został mianowany generałem i ma poprowadzić do walki armię digimonów. Jednak nie jest jedyną osobą o takim tytule, a jakby tego było mało nieznana kraina stoi w obliczu kryzysu jakimi są działania Imperium Bagra, które chce doprowadzić do przejęcia władzy nad alternatywnym światem.

Władze Japonii stają przed wielkim problemem jakim staje się znikanie mieszkańców państwa w niezrozumiałych okolicznościach. Sprawę mają zbadać Yushima Hiroshi i Satsuma Rentarou, którzy w trakcie śledztwa odkrywają, że masowe zniknięcia mają związek z otwieraniem wrót do nieznanego cyfrowego świata. Yushima, Satsuma i grupa naukowców wyruszają by zbadać nowy świat. Dziesięć lat po tych wydarzeniach z tajnego ośrodka DATS ucieka Agumon, cyfrowy potwór, który trafił na ziemię przez łączące Świat Realny oraz Digital World wrota. Jaki wpływ na wydarzenia miała wyprawa sprzed lat?

Monkey D. Luffy żegluje wraz ze swoją piracką załogą Słomkowego Kapelusza w poszukiwaniu legendarnego skarbu, który pozwoli mu zostać nowym królem piratów.