W roku 2029 świat jest połączony gęstą elektroniczną siecią, która rządzi każdym aspektem ludzkiego życia. Ta sama sieć staje się polem bitwy dla Sekcji Dziewiątej tokijskich sił bezpieczeństwa, która ma doprowadzić do aresztowania mistrza hakerów znanego jedynie jako Władca Marionetek.

Lato 1995. Trzech funkcjonariuszy elitarnej jednostki specjalnej Kerberos po rozpadzie formacji trafia do podziemia. Jeden z nich, Koichi, po latach wraca do Tokio, ale miasto nie przypomina już miejsca, które opuścił. Metropolia odsłania przed nim zaskakujące sceny, ramen bary pełne dziwaków, opustoszałe sale kinowe i klaustrofobiczne zakamarki, w których każda rozmowa brzmi jak konspiracyjny szept.