W roku 2029 świat jest połączony gęstą elektroniczną siecią, która rządzi każdym aspektem ludzkiego życia. Ta sama sieć staje się polem bitwy dla Sekcji Dziewiątej tokijskich sił bezpieczeństwa, która ma doprowadzić do aresztowania mistrza hakerów znanego jedynie jako Władca Marionetek.

Lato 1995. Koichi, były funkcjonariusz elitarnej jednostki Kerberos, wraca do Tokio po latach w podziemiu. Miasto zmieniło się nie do poznania, pełne dziwaków, opustoszałych kin i mrocznych zakamarków, gdzie każdy szept brzmi jak spisek.