Eksperyment naukowy doprowadził do stworzenia klona Mewtwo, który postanawia zniszczyć świat. Ash i przyjaciele postanawiają pokrzyżować jego plany.

Cloud Strife wychodzi z cienia, aby uratować mieszkańców zniszczonego miasta Midgar, którzy cierpią na śmiertelną chorobę nazwaną Geostigma.