Cate udaje się przetrwać atak Godzilli na San Francisco, po czym przeżywa kolejny wstrząs, gdy odkrywa szokujący sekret. Stawiając czoła potwornym zagrożeniom, wyrusza w pełną przygód podróż, aby poznać prawdę o swojej rodzinie i tajemniczej organizacji zwanej Monarch.

Uznana za zmarłą agentka FBI Emily Byrne zostaje znaleziona po sześciu latach w lesie. Kobieta nie pamięta wydarzeń z tego okresu, a podczas śledztwa padają na nią podejrzenia o morderstwo.