W 1965 roku, podczas zimnej wojny, francuski naukowie staje przed bardzo trudną misją szpiegowską. Wtedy też zakochuje się w kobiecie z ZSRR, która potajemnie pracuje dla KGB.

Upadły wojownik staje do walki przeciwko skorumpowanemu oraz sadystycznemu władcy, by pomścić i przywrócić dobre imię swojego pana.

Fabularnie "Dzieci Diuny" łączy w sobie wątki z drugiego i trzeciego tomu cyklu: "Mesjasza Diuny" i "Dzieci Diuny". Tematem filmu jest walka Paula Atrydy z zakonem Bene Gesserit, który nie potrafi kontrolować Muad'Diba, a także wydarzenia, które miały miejsce po odejściu Paula na pustynię, kiedy rozpoczęła się Ekologiczna Transformacja Diuny, a na Arrakis pojawił się tajemniczy starzec zwany Kaznodzieją.