Violet Evergarden trafia na ślad swego dawnego dowódcy, majora Gilberta, uznanego za poległego podczas Wielkiej Wojny.

W niedalekiej przyszłości, duchy, zjawy oraz potwory są w pełni widoczne za sprawą wirusa, który zainfekował całą ludzkość za zawsze zmieniając ludzki kod genetyczny. Chłopak o imieniu Haruhiko prowadzi szkolny klub zrzeszający ludzi posiadających specjalne umiejętności pozwalające na odsyłanie tajemniczych stworzeń sprawiających problemy do innego świata. W ten sposób grupa znajomych broni przed nimi swojej szkoły.

Haruka, Makoto i Nagisa spotykają się po latach w liceum, gdzie postanawiają utworzyć szkolny klub pływacki.

Kudou Taiki jest chłopcem, który nigdy nie odmawia pomocy innym. W wyniku niezwykłego splotu wydarzeń, spotyka umierającego stworka - Shoutmona. Wyrażając chęć uratowania digimona, Taiki, wraz z dwójką znajomych zostaje przeniesiony do krainy zwanej Cyfrowym Światem. Na miejscu dowiaduje się, że został mianowany generałem i ma poprowadzić do walki armię digimonów. Jednak nie jest jedyną osobą o takim tytule, a jakby tego było mało nieznana kraina stoi w obliczu kryzysu jakimi są działania Imperium Bagra, które chce doprowadzić do przejęcia władzy nad alternatywnym światem.

Haru ratuje życie kotu, który w podzięce zabiera ją do swojego królestwa. Sprawy komplikują się, gdy władca krainy proponuje dziewczynie małżeństwo ze swoim synem.