Na miejscu wypadku samochodowego Colin znajduje walizkę pełną pieniędzy. Postanawia oddać ją miejscowej policji.

Oddział amerykańskich żołnierzy otrzymuje misję uratowania jeńców przetrzymywanych w obozie na Filipinach.

Zbuntowany program Smith rozpoczyna przejmowanie kontroli w Matrixie, a armia maszyn zbliża się do Syjonu. Jedyną nadzieją na ratunek jest Neo.

Niepokorny pułkownik Sił Zbrojnych ONZ planuje szturm na tajną fortecę zbrodniarza, by uwolnić pojmanych zakładników i powstrzymać szaleńca przed podbojem świata.