Ameryka dostosowuje się do rządów Homelandera, a na Uniwersytecie Godolkina nowy dziekan prowadzi kurs potęgujący moce studentów. Cate i Sam zostali bohaterami, a Marie, Jordan i Emma wracają na zajęcia po miesiącach traumatycznych przeżyć. Między ludźmi a supkami szykuje się wojna, a nasza ekipa dowiaduje się o tajnym programie z lat 60. i w jakiś sposób Marie jest jego częścią.

Kiedy jeden z najniebezpieczniejszych i najpotężniejszych mutantów, Apocalypse, chce zniszczyć całą planetę, powstrzymać go mogą tylko X-Meni.