Bohaterskie, zakochane w pizzy wojownicze Żółwie Ninja: Leo, Mikey, Raph i Donnie, muszą odnaleźć w sobie siłę i odnowić stare sojusze, aby stawić czoła zarówno trudnościom okresu pokwitania, jak i nowemu złu, które czai się w zaułkach Nowego Jorku.
Po latach bycia chronionym przed ludzkim światem, bracia wyruszają, aby zdobyć serca nowojorczyków i zostać zaakceptowanym jako normalni nastolatkowie poprzez bohaterskie czyny. Ich nowa przyjaciółka April O'Neil pomaga im w walce z tajemniczym syndykatem.