Pewnego razu Sakura Sakurakouji jadąc autobusem spogląda za okno, a jej oczom ukazuje się widok ludzi palonych przez błękitne płomienie oraz chłopaka w jej wieku, który stoi pośród nich cały i zdrowy. Jednak gdy następnego dnia dziewczyna wraca na miejsce zdarzenia, nie ma tam żadnych spalonych ciał, ani innego dowodu morderstwa. Tymczasem do klasy Sakury dołącza nowy uczeń, a dziewczyna uświadamia sobie, że to właśnie jego widziała tamtej nocy. Chłopak, Rei Ogami, okazuje się być jednym z Code Breakerów - zabójców ze specjalnymi mocami, pracujących na zlecenie rządu.

W bliżej nieokreślonej przyszłości, wszyscy noszą okulary które nakładają na świat rzeczywisty jego odbicie w cyberprzestrzeni, również umożliwiają wykonywanie telefonów i obsługę programów przy pomocy prostych ruchów ręką. W mieście Daikoku, cyberprzestrzeń zachowuje się inaczej niż gdziekolwiek indziej, dochodzi tu do dziwnych wypadków, właścicielom giną ich "cyber zwierzaki", a w cyberprzestrzeni miasta znajduje się dużo niezbadanych obszarów. Zagadkami cyberprzestrzeni Daikoku zajmuje się organizacja detektywistyczna Coil, złożona z dzieci, które wydają się lepiej niż dorośli zauważać tajemnice otaczającej ich cyberprzestrzeni.