Zakończony niepowodzeniem projekt automatyzacji siły roboczej skutkuje buntem sztucznej inteligencji. Cesarzowa musi powstrzymać armię maszyn Artemidy przed opanowaniem Ziemi.

W trzecim filmie z tej animowanej serii grupa agentów próbuje powstrzymać żądnego zemsty wroga przed wypuszczeniem na świat śmiercionośnego wirusa. 

W pewnej wiosce w Japonii, w tajemnicy przed resztą świata ludzie współżyją z tajemniczymi istotami zwanymi kakashi. Kyouhei Kuga wyjechał z tego miejsca, by zapomnieć o tragicznych wydarzeniach z przeszłości. Udało mu się uwolnić od archaicznych praw wioski i właśnie zaczął układać sobie życie. Teraz studiuje na jednej z tokijskich uczelni i po kryjomu podkochuje się w pięknej Hibino. Pewnego razu po całonocnej imprezie Kyouhei wraz z ową dziewczyną natrafiają na zmasakrowane zwłoki w windzie. Szybko okazuje się, że z Karakami, rodzinnej wioski Kyouheia uciekł jego brat Aki. Na domiar złego Aki posiada zdolność do kontrolowania za pomocą umysłu jednego z kakashi. Teraz uwolniony ze swojej celi pragnie dokonać zemsty na mieszkańcach wioski.

Monkey D. Luffy żegluje wraz ze swoją piracką załogą Słomkowego Kapelusza w poszukiwaniu legendarnego skarbu, który pozwoli mu zostać nowym królem piratów.