W niedalekiej przyszłości, duchy, zjawy oraz potwory są w pełni widoczne za sprawą wirusa, który zainfekował całą ludzkość za zawsze zmieniając ludzki kod genetyczny. Chłopak o imieniu Haruhiko prowadzi szkolny klub zrzeszający ludzi posiadających specjalne umiejętności pozwalające na odsyłanie tajemniczych stworzeń sprawiających problemy do innego świata. W ten sposób grupa znajomych broni przed nimi swojej szkoły.

Podczas swojego pierwszego dnia w szkole średniej, piękna dziewczyna o imieniu Haruhi Suzumiya przedstawia się mówiąc: "nie interesuje się zwykłymi ludzmi". Jej dziwnemu zachowaniu przygląda się Kyon, chłopak który siedzi w ławce przed Haruhi i jest jedyna osobą która z nią rozmawia. Haruhi dołącza do każdego możliwego szkolnego klubu po czym natychmiast go opuszcza. Kyon podsuwa jej pomysł założenia własnego. W krótkim czasie on i pare innych osób staje się członkami Brygady S.O.S.