Ziemia chyli się ku zagładzie, odliczanie do upadku księżyca rozpoczęte. Tymczasem młodsza siostra Hinaty zostaje porwana przez tajemniczego wroga, jakim jest Toneri Ootsutsuki.
Lex Luthor i Legion Zagłady próbują użyć nowoczesnej technologii, by stworzyć nową wyspę, którą chcą rządzić. Liga Sprawiedliwości łączy siły w walce z największym przeciwnikiem Supermana.
Czterech ninja strzegących Ukrytych Wiosek Mgły, Kamienia, Chmur i Piasku ginie bez śladu. Podejrzewana jest nieodnosząca żadnych strat Konoha, co sprowadza krainy na skraj kolejnej Wielkiej Wojny.
Tajemnicza grupa shinobi przeprowadza niespodziewany atak na osadę Konoha-gakure, która w wyniku tego odnosi wielkie straty. Widmo kolejnej Wielkiej Wojny Ninja może się urzeczywistnić. Sasuke, wciąż nukenin (ninja, który porzucił swoją osadę) z Konohy, kolejny raz pojawia się przed Naruto w nieznanym miejscu, aby zapobiec takiemu biegowi wydarzeń.