Boruto rozpoczyna swoją drogę ninja, chcąc wydostać się z cienia ojca i zdobyć nowe umiejętności oraz przyjaciół.

W pewnej wiosce w Japonii, w tajemnicy przed resztą świata ludzie współżyją z tajemniczymi istotami zwanymi kakashi. Kyouhei Kuga wyjechał z tego miejsca, by zapomnieć o tragicznych wydarzeniach z przeszłości. Udało mu się uwolnić od archaicznych praw wioski i właśnie zaczął układać sobie życie. Teraz studiuje na jednej z tokijskich uczelni i po kryjomu podkochuje się w pięknej Hibino. Pewnego razu po całonocnej imprezie Kyouhei wraz z ową dziewczyną natrafiają na zmasakrowane zwłoki w windzie. Szybko okazuje się, że z Karakami, rodzinnej wioski Kyouheia uciekł jego brat Aki. Na domiar złego Aki posiada zdolność do kontrolowania za pomocą umysłu jednego z kakashi. Teraz uwolniony ze swojej celi pragnie dokonać zemsty na mieszkańcach wioski.

Naruto wraca do Konohy, by dotrzymać słowa złożonego Sakurze i uwolnić Sasuke z rąk Orochimaru.