Boruto rozpoczyna swoją drogę ninja, chcąc wydostać się z cienia ojca i zdobyć nowe umiejętności oraz przyjaciół.

W pewnej wiosce w Japonii, w tajemnicy przed resztą świata ludzie współżyją z tajemniczymi istotami zwanymi kakashi. Kyouhei Kuga wyjechał z tego miejsca, by zapomnieć o tragicznych wydarzeniach z przeszłości. Udało mu się uwolnić od archaicznych praw wioski i właśnie zaczął układać sobie życie. Teraz studiuje na jednej z tokijskich uczelni i po kryjomu podkochuje się w pięknej Hibino. Pewnego razu po całonocnej imprezie Kyouhei wraz z ową dziewczyną natrafiają na zmasakrowane zwłoki w windzie. Szybko okazuje się, że z Karakami, rodzinnej wioski Kyouheia uciekł jego brat Aki. Na domiar złego Aki posiada zdolność do kontrolowania za pomocą umysłu jednego z kakashi. Teraz uwolniony ze swojej celi pragnie dokonać zemsty na mieszkańcach wioski.

Młoda dziewczyna wyrusza w świat, aby nauczyć się samodzielności. Podczas wędrówki poznaje Alzeido, chłopaka o magicznych umiejętnościach.

Głównym bohaterem, jest Allen Walker, szarowłosy chłopak, który przez swój wygląd wyraźnie rzuca się w oczy. Jednak nie bez powodu, gdyż Allen jest egzorcystą , osobą posiadającą Innocence, niezwykłą broń przeciw akumom. Co to akuma? Otóż, jest to straszliwa broń, maszyna z przytwierdzoną do niej ludzką duszą. Stwory te są tworzone przez niejakiego Milenijnego Earla. Allen wraz z grupą egzorcystów musi, powstrzymać akumy, gdyż potrafią one tylko zabijać. Co będzie dalej? Czy Allenowi i innym posiadaczom Innocence uda się powstrzymać Earla?