Objęty programem ochrony świadków nowojorski gangster otrzymuje nową tożsamość. Mężczyzna zamieszkuje w małym miasteczku, które staję się mu coraz bliższe.
Tytułowe "Short Eyes" to więzienny slang - określenie mężczyzny molestującego dzieci. Z takim określeniem musi walczyć młody mężczyzna, oskarżony o molestowanie i skazany na odsiadkę w nowojorskim więzieniu "Tombs". Wszystko zaczyna się komplikować, kiedy nie tylko jego współwięźniowie z celi, ale i całe więzienie dowiaduje się o jego wyroku. Czy nasz bohater - niewinny w dodatku - poradzi sobie w tak trudnej sytuacji...?