Amanda i jej wymyślony przyjaciel Rudger przeżywają w wyobraźni emocjonujące przygody. Pewnego razu Rudger zostaje sam i staje twarzą w twarz z tajemniczym zagrożeniem.
Shinji, Asuka i Rei wędrują po zrujnowanej na skutek Trzeciego Uderzenia Ziemi, szukając schronienia oraz możliwości skontaktowania się z organizacją WILLE zanim Gendo Ikari wprowadzi w życie Projekt Dopełnienia Ludzkości.
Od wydarzeń, które niemalże zniszczyły świat minęło czternaście lat. Shinji budzi się do życia w całkiem nowym otoczeniu, lecz walka nadal trwa i nic nie zwiastuje jej końca.